Cuenta la historia que el padre Jerónimo Ramírez de la Compañía de Jesús llegó en 1596 al pueblo de El Zape y posteriormente al mineral de Guanaceví. Su doctrina fue ampliándose pero se dispersó con la sublevación tepehuana en 1616.
Al morir Francisco de Ibarra (conquistador español fundador de la ciudad de Durango en 1562), ya existía el mineral de Guanaceví una población española y algunos esclavos. Durante la matanza de El Zape, la cual marcó el inició de la insurrección tepehuana de 1616, murieron 19 españoles y 60 negros asignados a los trabajos mineros. Además de los padres Luis de Álvarez y Juan del valle, así como Jerónimo de Montana y Juan Fonte.
Sólo algunos españoles escaparon del exterminio de El Zape y dieron aviso a Gaspar de Alvear, gobernador de Durango. Con motivo de este suceso el lugar se reconstruyó y se le otorgó la categoría de santuario llamado Nuestra Señora de El Zape.